1  Installation and Update

If you haven’t installed R or RStudio on your PC or Mac, please install them before proceeding. Otherwise, you can skip these steps.

1.1 Install R

Download the R and install it.

👉 Refer this blog

1.2 Install RStudio

Then install RStudio. Download the RStudio and then install it.

Select the free version of RStudio Desktop.

👉 Refer this blog

1.3 Open the RStudio

Then open the RStudio

1.4 Update R

lagci require R version > 4.1. Please update your R if the version < 4.1.

You can check your R version in your console:

version
               _                                
platform       x86_64-w64-mingw32               
arch           x86_64                           
os             mingw32                          
crt            ucrt                             
system         x86_64, mingw32                  
status                                          
major          4                                
minor          4.3                              
year           2025                             
month          02                               
day            28                               
svn rev        87843                            
language       R                                
version.string R version 4.4.3 (2025-02-28 ucrt)
nickname       Trophy Case

If your R version is < 4.1, please download and install the latest version of R, and then restart your R.

1.5 Safe Installation of lagci

lagci needs a lot of dependent packages. When you install lagci via devtools:: install_github("jaspershen-lab/lagci") directly, it will spend lots of time, meanwhile it will encounter errors easily.

To install lagci safely, please run the script below.

Install devtools, pak and BiocManager packages first.

if (!requireNamespace("devtools")) 
  install.packages("devtools")

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

if (!require("pak", quietly = TRUE)) 
  install.packages("pak")

Get the available mirror of CRAN and BioConductor from CRAN mirrors and BioConductor mirrors

Configure the mirror of CRAN and BioConductor that pak can use (just for this R session):

# 1) Pick your Bioconductor mirror (do this first)
options(BioC_mirror = "https://bioconductor.posit.co")  # any Bioc mirror URL works

# 2) Pick your CRAN mirror
options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org"))

# 3) Populate a consistent set of CRAN + Bioc repos for your R/Bioc version
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
options(repos = BiocManager::repositories())

# 4) Verify what pak will use
pak::repo_get()

Run this command to install lagci safely:

pak::pak("jaspershen-lab/lagci")

Get the lagci package dependencies tree (Optinal):

pak::pkg_deps_tree("jaspershen-lab/lagci")
✔ Updated metadata database: 5.40 MB in 4 files.
ℹ Updating metadata database
✔ Updating metadata database ... done
jaspershen-lab/lagci 0.99.5 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
├─crayon 1.5.3 [new][dl] (165.17 kB)
├─purrr 1.1.0 [new][dl] (568.14 kB)
│ ├─cli 3.6.5 [new][dl] (1.40 MB)
│ ├─lifecycle 1.0.4 [new][dl] (140.93 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue 1.8.0 [new][dl] (183.78 kB)
│ │ └─rlang 1.1.6 [new][dl] (1.63 MB)
│ ├─magrittr 2.0.4 [new][dl] (229.25 kB)
│ ├─rlang
│ └─vctrs 0.6.5 [new][dl] (1.36 MB)
│   ├─cli
│   ├─glue
│   ├─lifecycle
│   └─rlang
├─stringr 1.5.2 [new][dl] (325.73 kB)
│ ├─cli
│ ├─glue
│ ├─lifecycle
│ ├─magrittr
│ ├─rlang
│ ├─stringi 1.8.7 [new][dl] (15.03 MB)
│ └─vctrs
├─cli
├─magrittr
├─rstudioapi 0.17.1 [new][dl] (342.23 kB)
├─dplyr 1.1.4 [new][dl] (1.58 MB)
│ ├─cli
│ ├─generics 0.1.4 [new][dl] (85.14 kB)
│ ├─glue
│ ├─lifecycle
│ ├─magrittr
│ ├─pillar 1.11.1 [new][bld][dl] (409.51 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─rlang
│ │ ├─utf8 1.2.6 [new][dl] (154.70 kB)
│ │ └─vctrs
│ ├─R6 2.6.1 [new][dl] (88.64 kB)
│ ├─rlang
│ ├─tibble 3.3.0 [new][dl] (698.31 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─magrittr
│ │ ├─pillar
│ │ ├─pkgconfig 2.0.3 [new][dl] (22.81 kB)
│ │ ├─rlang
│ │ └─vctrs
│ ├─tidyselect 1.2.1 [new][dl] (228.15 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─rlang
│ │ ├─vctrs
│ │ └─withr 3.0.2 [new][dl] (231.37 kB)
│ └─vctrs
├─rlang
├─tibble
├─ggplot2 4.0.0 [new][dl] (5.94 MB)
│ ├─cli
│ ├─gtable 0.3.6 [new][dl] (249.79 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ ├─lifecycle
│ │ └─rlang
│ ├─isoband 0.2.7 [new][dl] (1.93 MB)
│ ├─lifecycle
│ ├─rlang
│ ├─S7 0.2.0 [new][dl] (348.33 kB)
│ ├─scales 1.4.0 [new][dl] (882.99 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─farver 2.1.2 [new][dl] (1.52 MB)
│ │ ├─glue
│ │ ├─labeling 0.4.3 [new][dl] (63.36 kB)
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─R6
│ │ ├─RColorBrewer 1.1-3 [new][dl] (54.47 kB)
│ │ ├─rlang
│ │ └─viridisLite 0.4.2 [new][dl] (1.30 MB)
│ ├─vctrs
│ └─withr
├─plyr 1.8.9 [new][dl] (1.11 MB)
│ └─Rcpp 1.1.0 [new][dl] (2.90 MB)
├─BiocParallel 1.40.2 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ ├─BH 1.87.0-1 [new][dl] (21.80 MB)
│ ├─codetools 0.2-20 
│ ├─cpp11 0.5.2 [new][dl] (310.77 kB)
│ ├─futile.logger 1.4.3 [new][dl] (97.93 kB)
│ │ ├─futile.options 1.0.1 [new][dl] (21.49 kB)
│ │ └─lambda.r 1.2.4 [new][dl] (112.74 kB)
│ │   └─formatR 1.14 [new][dl] (155.91 kB)
│ └─snow 0.4-4 [new][dl] (99.91 kB)
├─ggrepel 0.9.6 [new][dl] (603.96 kB)
│ ├─ggplot2
│ ├─Rcpp
│ ├─rlang
│ ├─scales
│ └─withr
├─ggsci 3.2.0 [new][dl] (2.40 MB)
│ ├─ggplot2
│ └─scales
├─lubridate 1.9.4 [new][dl] (989.17 kB)
│ ├─generics
│ └─timechange 0.3.0 [new][dl] (514.48 kB)
│   └─cpp11
├─scales
├─tidymass/massdataset 0.99.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ ├─dplyr
│ ├─magrittr
│ ├─tibble
│ ├─stringr
│ ├─rstudioapi
│ ├─ggplot2
│ ├─openxlsx 4.2.8 [new][dl] (2.48 MB)
│ │ ├─Rcpp
│ │ ├─stringi
│ │ └─zip 2.3.3 [new][dl] (453.44 kB)
│ ├─crayon
│ ├─cli
│ ├─purrr
│ ├─readr 2.1.5 [new][dl] (1.19 MB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─clipr 0.8.0 [new][dl] (55.53 kB)
│ │ ├─cpp11
│ │ ├─crayon
│ │ ├─hms 1.1.3 [new][dl] (105.34 kB)
│ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ ├─pkgconfig
│ │ │ ├─rlang
│ │ │ └─vctrs
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─R6
│ │ ├─rlang
│ │ ├─tibble
│ │ ├─tzdb 0.5.0 [new][dl] (1.04 MB)
│ │ │ └─cpp11
│ │ └─vroom 1.6.6 [new][bld][cmp][dl] (626.22 kB)
│ │   ├─bit64 4.6.0-1 [new][dl] (512.02 kB)
│ │   │ └─bit 4.6.0 [new][dl] (637.12 kB)
│ │   ├─cli
│ │   ├─cpp11
│ │   ├─crayon
│ │   ├─glue
│ │   ├─hms
│ │   ├─lifecycle
│ │   ├─progress 1.2.3 [new][dl] (88.56 kB)
│ │   │ ├─crayon
│ │   │ ├─hms
│ │   │ ├─prettyunits 1.2.0 [new][dl] (155.29 kB)
│ │   │ └─R6
│ │   ├─rlang
│ │   ├─tibble
│ │   ├─tidyselect
│ │   ├─tzdb
│ │   ├─vctrs
│ │   └─withr
│ ├─rlang
│ ├─github::tidymass/masstools 0.99.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ ├─dplyr
│ │ ├─jsonlite 2.0.0 [new][dl] (1.11 MB)
│ │ ├─remotes 2.5.0 [new][dl] (435.52 kB)
│ │ ├─magrittr
│ │ ├─tibble
│ │ ├─tidyr 1.3.1 [new][dl] (1.27 MB)
│ │ │ ├─cli
│ │ │ ├─cpp11
│ │ │ ├─dplyr
│ │ │ ├─glue
│ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ ├─magrittr
│ │ │ ├─purrr
│ │ │ ├─rlang
│ │ │ ├─stringr
│ │ │ ├─tibble
│ │ │ ├─tidyselect
│ │ │ └─vctrs
│ │ ├─stringr
│ │ ├─crayon
│ │ ├─cli
│ │ ├─purrr
│ │ ├─pbapply 1.7-4 [new][dl] (102.70 kB)
│ │ ├─httr 1.4.7 [new][dl] (496.83 kB)
│ │ │ ├─curl 7.0.0 [new][dl] (3.66 MB)
│ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ ├─mime 0.13 [new][dl] (52.39 kB)
│ │ │ ├─openssl 2.3.3 [new][dl] (3.47 MB)
│ │ │ │ └─askpass 1.2.1 [new][dl] (74.69 kB)
│ │ │ │   └─sys 3.4.3 [new][dl] (47.84 kB)
│ │ │ └─R6
│ │ ├─rvest 1.0.5 [new][dl] (318.68 kB)
│ │ │ ├─cli
│ │ │ ├─glue
│ │ │ ├─httr
│ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ ├─magrittr
│ │ │ ├─rlang
│ │ │ ├─selectr 0.4-2 [new][dl] (501.28 kB)
│ │ │ │ ├─R6
│ │ │ │ └─stringr
│ │ │ ├─tibble
│ │ │ └─xml2 1.4.0 [new][dl] (1.61 MB)
│ │ │   ├─cli
│ │ │   └─rlang
│ │ ├─xml2
│ │ ├─MSnbase 2.32.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─affy 1.84.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─affyio 1.76.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ └─zlibbioc 1.52.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─Biobase 2.66.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ └─BiocGenerics 0.52.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─BiocManager 1.30.26 [new][dl] (507.69 kB)
│ │ │ │ ├─preprocessCore 1.68.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ └─zlibbioc
│ │ │ ├─Biobase
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─BiocParallel
│ │ │ ├─digest 0.6.37 [new][dl] (223.14 kB)
│ │ │ ├─ggplot2
│ │ │ ├─impute 1.80.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─IRanges 2.40.1 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ └─S4Vectors 0.44.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │   └─BiocGenerics
│ │ │ ├─lattice 0.22-6 -> 0.22-7 [upd][dl] (1.40 MB)
│ │ │ ├─MALDIquant 1.22.3 [new][dl] (2.88 MB)
│ │ │ ├─MASS 7.3-65 
│ │ │ ├─MsCoreUtils 1.18.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─clue 0.3-66 [new][dl] (1.01 MB)
│ │ │ │ │ └─cluster 2.1.8 -> 2.1.8.1 [upd][dl] (608.29 kB)
│ │ │ │ ├─MASS
│ │ │ │ ├─Rcpp
│ │ │ │ └─S4Vectors
│ │ │ ├─mzID 1.44.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─doParallel 1.0.17 [new][dl] (192.19 kB)
│ │ │ │ │ ├─foreach 1.5.2 [new][dl] (149.34 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─codetools
│ │ │ │ │ │ └─iterators 1.0.14 [new][dl] (353.39 kB)
│ │ │ │ │ └─iterators
│ │ │ │ ├─foreach
│ │ │ │ ├─iterators
│ │ │ │ ├─plyr
│ │ │ │ ├─ProtGenerics 1.38.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ └─XML 3.99-0.19 [new][dl] (3.12 MB)
│ │ │ ├─mzR 2.40.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─ncdf4 1.24 [new][dl] (7.51 MB)
│ │ │ │ ├─ProtGenerics
│ │ │ │ └─Rcpp
│ │ │ ├─pcaMethods 1.98.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─MASS
│ │ │ │ └─Rcpp
│ │ │ ├─plyr
│ │ │ ├─ProtGenerics
│ │ │ ├─PSMatch 1.10.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─BiocParallel
│ │ │ │ ├─igraph 2.1.4 [new][dl] (7.17 MB)
│ │ │ │ │ ├─cli
│ │ │ │ │ ├─cpp11
│ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ ├─Matrix 1.7-2 -> 1.7-4 [upd][dl] (4.98 MB)
│ │ │ │ │ │ └─lattice
│ │ │ │ │ ├─pkgconfig
│ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ └─vctrs
│ │ │ │ ├─Matrix
│ │ │ │ ├─MsCoreUtils
│ │ │ │ ├─ProtGenerics
│ │ │ │ ├─QFeatures 1.16.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ ├─AnnotationFilter 1.30.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ ├─GenomicRanges 1.58.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │ ├─GenomeInfoDb 1.42.3 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─GenomeInfoDbData 1.2.13 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │ │ └─UCSC.utils 1.2.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ │   ├─httr
│ │ │ │ │ │ │ │   ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ │ │   └─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │ └─XVector 0.46.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │   ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │   ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │   ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │   └─zlibbioc
│ │ │ │ │ │ └─lazyeval 0.2.2 [new][dl] (162.85 kB)
│ │ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ ├─igraph
│ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ ├─lazyeval
│ │ │ │ │ ├─MsCoreUtils
│ │ │ │ │ ├─MultiAssayExperiment 1.32.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ │ │ ├─BiocBaseUtils 1.8.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ ├─DelayedArray 0.32.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │ ├─Matrix
│ │ │ │ │ │ │ ├─MatrixGenerics 1.18.1 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ │ └─matrixStats 1.5.0 [new][dl] (540.83 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─S4Arrays 1.6.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─abind 1.4-8 [new][dl] (67.21 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─crayon
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─Matrix
│ │ │ │ │ │ │ │ └─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │ └─SparseArray 1.6.2 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │   ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │   ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │   ├─Matrix
│ │ │ │ │ │ │   ├─MatrixGenerics
│ │ │ │ │ │ │   ├─matrixStats
│ │ │ │ │ │ │   ├─S4Arrays
│ │ │ │ │ │ │   ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ │   └─XVector
│ │ │ │ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ ├─SummarizedExperiment 1.36.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ │ │ │ ├─DelayedArray
│ │ │ │ │ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ │ │ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ │ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ │ │ │ ├─Matrix
│ │ │ │ │ │ │ ├─MatrixGenerics
│ │ │ │ │ │ │ ├─S4Arrays
│ │ │ │ │ │ │ └─S4Vectors
│ │ │ │ │ │ └─tidyr
│ │ │ │ │ ├─plotly 4.11.0 [new][dl] (3.92 MB)
│ │ │ │ │ │ ├─base64enc 0.1-3 [new][dl] (33.12 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─crosstalk 1.2.2 [new][dl] (418.43 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─htmltools 0.5.8.1 [new][dl] (363.20 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─base64enc
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─digest
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─fastmap 1.2.0 [new][dl] (135.36 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ │ ├─lazyeval
│ │ │ │ │ │ │ └─R6
│ │ │ │ │ │ ├─data.table 1.17.8 [new][dl] (2.89 MB)
│ │ │ │ │ │ ├─digest
│ │ │ │ │ │ ├─dplyr
│ │ │ │ │ │ ├─ggplot2
│ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ ├─htmlwidgets 1.6.4 [new][dl] (813.36 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ │ ├─knitr 1.50 [new][dl] (1.16 MB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─evaluate 1.0.5 [new][dl] (105.37 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─highr 0.11 [new][dl] (44.22 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ └─xfun 0.53 [new][dl] (597.00 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─xfun
│ │ │ │ │ │ │ │ └─yaml 2.3.10 [new][dl] (119.45 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─rmarkdown 2.29 [new][dl] (2.70 MB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─bslib 0.9.0 [new][dl] (5.92 MB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─base64enc
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─cachem 1.1.0 [new][dl] (73.84 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─fastmap
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─fastmap
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─jquerylib 0.1.4 [new][dl] (526.06 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ └─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─memoise 2.0.1 [new][dl] (51.10 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─cachem
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─mime
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ │ │ │ └─sass 0.4.10 [new][dl] (2.61 MB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │   ├─fs 1.6.6 [new][dl] (415.38 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │   ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ │ │   ├─R6
│ │ │ │ │ │ │ │ │   ├─rappdirs 0.3.3 [new][dl] (52.59 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │   └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─evaluate
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─fontawesome 0.5.3 [new][dl] (1.39 MB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─jquerylib
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─knitr
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─tinytex 0.57 [new][dl] (146.71 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ │ └─xfun
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─xfun
│ │ │ │ │ │ │ │ └─yaml
│ │ │ │ │ │ │ └─yaml
│ │ │ │ │ │ ├─httr
│ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ ├─lazyeval
│ │ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ │ ├─promises 1.3.3 [new][dl] (2.03 MB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─fastmap
│ │ │ │ │ │ │ ├─later 1.4.4 [new][dl] (465.60 kB)
│ │ │ │ │ │ │ │ ├─Rcpp
│ │ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ │ │ ├─R6
│ │ │ │ │ │ │ ├─Rcpp
│ │ │ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ │ │ ├─purrr
│ │ │ │ │ │ ├─RColorBrewer
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ ├─scales
│ │ │ │ │ │ ├─tibble
│ │ │ │ │ │ ├─tidyr
│ │ │ │ │ │ ├─vctrs
│ │ │ │ │ │ └─viridisLite
│ │ │ │ │ ├─ProtGenerics
│ │ │ │ │ ├─reshape2 1.4.4 [new][dl] (438.87 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─plyr
│ │ │ │ │ │ ├─Rcpp
│ │ │ │ │ │ └─stringr
│ │ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ │ ├─SummarizedExperiment
│ │ │ │ │ ├─tidyr
│ │ │ │ │ └─tidyselect
│ │ │ │ └─S4Vectors
│ │ │ ├─Rcpp
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─scales
│ │ │ └─vsn 3.74.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ │   ├─affy
│ │ │   ├─Biobase
│ │ │   ├─ggplot2
│ │ │   ├─lattice
│ │ │   └─limma 3.62.2 [new][dl] (unknown size)
│ │ │     └─statmod 1.5.0 [new][dl] (321.50 kB)
│ │ ├─ProtGenerics
│ │ ├─lifecycle
│ │ └─ggplot2
│ ├─ComplexHeatmap 2.22.0 [new][dl] (unknown size)
│ │ ├─circlize 0.4.16 [new][dl] (3.32 MB)
│ │ │ ├─colorspace 2.1-1 [new][dl] (2.67 MB)
│ │ │ ├─GlobalOptions 0.1.2 [new][dl] (469.42 kB)
│ │ │ └─shape 1.4.6.1 [new][dl] (753.94 kB)
│ │ ├─clue
│ │ ├─codetools
│ │ ├─colorspace
│ │ ├─digest
│ │ ├─doParallel
│ │ ├─foreach
│ │ ├─GetoptLong 1.0.5 [new][dl] (1.07 MB)
│ │ │ ├─crayon
│ │ │ ├─GlobalOptions
│ │ │ └─rjson 0.2.23 [new][dl] (438.00 kB)
│ │ ├─GlobalOptions
│ │ ├─IRanges
│ │ ├─matrixStats
│ │ ├─png 0.1-8 [new][dl] (194.23 kB)
│ │ └─RColorBrewer
│ ├─tidyselect
│ ├─vctrs
│ ├─tidyr
│ ├─SummarizedExperiment
│ └─S4Vectors
└─hms

Key:  [new] new | [upd] update | [dl] download | [bld] build | [cmp] compile

1.6 Update the lagci package

# 0) See if you have libraried the lagci package
print("package:lagci" %in% search()) # if you libraried the lagci, it will echo `TRUE`

# 1) Detach the libraried lagci package
detach(name = "package:lagci", unload = TRUE)

# 2) Uninstall the lagci package that already existed
remove.packages(pkgs = "lagci")

# 3) Install the lagci once again
pak::pak("jaspershen-lab/lagci")

If you can’t install or update lagci successfully, please contact us by

{{< cta cta_text="📥 Contact us" cta_link="https://www.shen-lab.org/#contact" >}}

or leave me a comment below.

1.7 Session information

R version 4.4.3 (2025-02-28 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
Running under: Windows 11 x64 (build 26100)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8 
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8
[4] LC_NUMERIC=C                               
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

time zone: Asia/Shanghai
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] digest_0.6.37     R6_2.6.1          fastmap_1.2.0     xfun_0.52        
 [5] knitr_1.50        htmltools_0.5.8.1 rmarkdown_2.29    ps_1.9.1         
 [9] cli_3.6.5         processx_3.8.6    callr_3.7.6       pak_0.9.0        
[13] compiler_4.4.3    rstudioapi_0.17.1 tools_4.4.3       evaluate_1.0.4   
[17] rlang_1.1.6       jsonlite_2.0.0    htmlwidgets_1.6.4